bioconductor_bioconductor 中的case only study

R语言安装第三方包的方法

1、install.packages()：安装第三方包。 library(package)：加载第三方包。 useNamespace(library)：使用指定的命名空间中的函数和变量。 import()：导入指定的包并使用其中的函数和变量。

2、方法/步骤 首先，需要打开R studio，这是初始界面的，简洁干净。在右上方的Environment中，有之前使用留下的数据不用去管。对于电脑中已经保存了的package，可以直接在左下方的“package”中找到。每次打开R studio时，都要重新安装使用。勾选即可安装。而未勾选表示未安装。

3、官网下载R安装包 在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。①点击Download R for Windows下载，接下来以windows为例给大家展示安装过程。②接下来单击base，即可进入下载相应安装包。③进入下面页面，点击Download R 1 for Windows。

【Bioconductor系列】利用Bioconductor包进行基因组变异位点注释_百度...

1、predictCoding 仅仅返回编码变异位点的结果。与 locateVariants 一样，每个变异位点-转录匹配项的输出都有一行，因此每个变异位点可以有多行。当 predictCoding 调用时，变异位点“not translated”在抛出的警告进行说明。 在varAllele中缺少varAllele或“N”的变异位点不会被翻译。

2、Granges是genomic ranges的简称，它是bioconductor中的R包存储genomic intervals的数据结构，快速且有效，是想要深入分析数据所必须掌握的。它的重要性类似于bed注释文件，这么一比较这玩意的重要性就显而易见了 做基因组学分析时，最重要的就是intervals或者是intervals的集合。

3、Bioconductor就是一个基于R语言的、面向基因组信息分析的应用软件集合。Bioconductor的应用功能是以包的集成形式呈现在用户面前，它提供的软件包中包括各种基因组数据分析和注释工具，其中大多数工具是针对DNA微阵列或基因芯片数据的处理、分析、注释及可视化的。同时，Bioconductor。

如何下载biocgenerics

1、下载需要通过三个过程：source(http：//bioconductor.org/biocLite.R)，options(BioC_mirror=”[http：//mirrors.ustc.edu.cn/bioc/](http：//mirrors.ustc.edu.cn/bioc/)“)，biocLite(org.Hs.eg.db)下载相应的bioconductor的包。